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立院三讀修正財政收支劃分法，高市府指出「對高雄有五大不公」，認為修法刻意將有利於高雄的指標調降，讓高雄的分配款增加幅度在六都排名尾端，惡化南北差距、城鄉不均。對此，國民黨立委柯志恩今（21）日表示，過去在統籌分配比例上，六都土地面積權重占 20%，縣市則占 29.75%，但台灣各縣市土地面積差異極大，尤其花蓮縣為全國最大，約占全國 1/8，若將土地權重加到 15%、20%，花蓮與台東統籌款將暴增，反而形成另一種不公平。
柯志恩指出，事實上高雄人口與土地面積，過去在統籌分配比例上都不差，而是營利事業額較吃虧，這部分問題出在於，企業總公司往往設在台北，但工廠則設在中南部，這便會導致統籌分配的營利事業額歸在台北，這部分應透過營利事業額歸屬認定解決，否則中南部污染，台北收稅的爭議將永不停歇。
另外高市府指出，這次修法未考量「產業結構」及「外部成本」負擔，未將「淨零負擔」納入分配指標，不利高雄未來城市轉型。柯志恩認為，產業結構納入淨零負擔，不該是財劃法修法需考量的範疇，原因是政府能源轉型政策畫大餅、不切實際，不只2025再生能源目標跳票，審計部更揭露風電效益未如預期，還浪費預算、弊案叢生；再者，政府錯誤的能源政策，也不該剝奪地方政府的預算來彌補，導致錯上加錯，更何況不只高雄，中火還要因為錯誤的能源政策，而變成全球最大的火力發電廠，未來又該如何補償？
此外，行政院長卓榮泰在接受媒體採訪時語出驚人，稱立院通過的法案「將導致國庫空虛」，未來災害來臨行政院將無法協助，地方政府得自己面對，這種不負責任的說法，也受到在野黨猛烈抨擊。柯志恩強調，「財劃法」僅僅規範中央與地方預算分配的比例，而無法要求現行哪些政事項目預算要刪除或減少支出，這些是行政部門的責任，而非國會能決定；執政黨不該拿統籌分配款當武器，動輒以刪除或減少某些政事別的預算，來威脅在野黨與地方政府；身為執政黨，應理解中央政府長期「集權又集錢」已嚴重影響地方的發展，唯有透過「財劃法」重新調整中央與地方的分配比例，才能真正落實地方自治。
柯志恩表示，中央政府預算分配比例減少，並不會影響所有法定預算，依法也不能刪除或減少現行法定預算，至於其他加碼、喊價等紅包式政策，或是如光電、風電等錯誤政策所導致的浪費，行政部門應藉由「財劃法」的修法進行整體檢討，再向國會報告。
她強調，近幾年中央政府稅收超徵情形嚴重，已連三年超徵共 1.34兆元，今年更上看 5,100億元，顯示中央政府長期「行政失靈」，執政黨不該繼續在「財劃法」修法的三千多億元上作文章，中央政府不是沒錢，而是不會「管錢、理錢」，既然民進黨不懂如何分配與善用稅收，那以後就讓國民黨來當家。
