民眾黨總統候選人柯文哲在第二場總統政見發表會中，談到核能議題，嗆民進黨總統候選人賴清德若真的堅持2050非核家園，企業界的票先跑掉一大半，更稱賴若迴避就代表沒長期規劃、只想炒短線，而賴回是因為核電廠時間到將其停掉。柯文哲發表會再指，賴清德回答是誤導，「核電廠是可以延役，今天是民進黨不延役才停掉，所以賴清德禁不起科學上考驗，明顯誤導全國民眾」。
賴清德在最後一輪表示，2050非核家園並不是總統蔡英文把可以運轉的核電終止，而是因為法律規定，最後一個機組，核三廠2號機必須在2025年期中停止運轉，還好蔡總統因應局勢推動綠能產業發展，否則今天會更慘。
柯文哲在會後接受聯訪時，強調自己沒攻擊對手，但他認為賴清德的回答是誤導全國民眾，說是因為核電廠時間到停掉，問題是核電廠可以延役，是民進黨不延役才給它停掉，「所以賴清德那個禁不起科學上考驗」。
至於柯指控因國民黨候選人侯友宜主政的新北市政府卡關乾式貯存槽，導致反應爐中的用過燃料棒無法取出，核一、核二才釀成如今僵局，侯解釋是因台電水土保持做不好，所以不給發證照。柯指出變成指控台電工程能力很差，「其實大家心知肚明，就卡人家」。
柯文哲認為不管誰執政，都要嚴肅面對能源題目，不贊成用意識形態解決科學問題，台灣半導體產業太耗電，要轉型也不是一天兩天可以做到，加上最近2050淨零碳排放是很大壓力，因為很快要克碳費、關稅，核電會便宜很多，所以這也是國人要思考，如果核電比較便宜、用石化燃料比較貴到底要怎麼辦。
柯指出，經過三哩島、車諾比等事故後，核電安全性是有提高，自己去日本考察過，別人的失敗就會改進，所以核電安全係數有提高，「但問我是不是絕對沒有危險，當然不能這樣講，到馬路上也有可能被車撞到，但有可能不上街嗎？還是要理性務實討論」。
