從進口蛋到進口豬補貼，農業部透過中央畜產會執行相關政策，卻出現一連串爭議，引發外界對畜產會角色的質疑，立法院經濟委員會今將進行相關專案報告。熟悉畜產會的人士表示，畜產會剛成立僅四十二人，如今上千人、一年預算十多億元，不僅比主責畜產的農業部畜牧司還龐大，近年董事長也淪為政治酬庸，執行長還頻繁更迭，恐都是導致業務執行荒腔走板的原因。
畜產會於二○○○年依畜牧法成立，目的是提升產業自主能力、平衡畜產品供應和穩定價格，協助畜牧產業逐步調整產業結構。不過有畜產會退休官員說，其中最主要功能是產銷調節，且須達到預警，如今卻是產銷失衡了，農業部再來委託畜產會緊急進口，畜產會只是「過手」，像是農業部的白手套。
一名早年畜產會員工說，產銷資訊應在半年、一年前就預估出來，有多少小雞小豬、育成率多少都可算出來，但現在畜產會產業分析失準，農業部也不在意，最後靠進口調節是最糟方式。
畜產會一年預算經費高達十多億元，六成以上由政府撥補，絕大多數費用在執行政府業務。以專案進口雞蛋專案為例，由畜產會執行，但雞蛋進口後要分派、查察，現在看來僅有調度、辦手續，查核細節都沒顧到。
此外，過去畜產會董事長都是農委會副主委無給職兼任，主要是執行長在主事，但剛請辭的林聰賢擔任董座後，變成有給職，執行長成了聽命角色，近年執行長甚至頻繁更迭，副執行長像是職業代理人。另名畜牧業前輩說，畜產會這幾年黨政色彩濃厚，應回歸產銷調節工作。
當年的創會元老、酪農協會秘書長方清泉則說，最初畜產會有四組、四十二人。
不過，如今畜產會相關人員有千人，但依畜產會決算書內容顯示，正式編制內人員僅四十九人，其餘為計畫執行、約聘僱。退休畜產會人員說，其中有五、六百人都是約聘雇獸醫，派駐全台屠宰場執行肉品衛生檢查，協助防檢署執行任務。這次農業部組改，未將防檢業務重新併回，畜牧司也未升格為畜牧署，無法執行太多業務，導致很多政策執行還是仰賴畜產會。
