賴清德總統上任後，兩岸關係進入冰河期，6月調升中港澳旅遊警示至橙色（非必要勿前往），被「已讀不回」的海基會也被認為功能不彰。國民黨立委許宇甄7日揭露，明（2025）年度陸委會對海基會捐助暴增約7500萬元，由1億8435萬餘元增加到2億5957萬元，增幅達48％，在海基會只剩文書功能的情況下，費用有何實質意義，懷疑是否有其他「特殊用途」？所以她主張刪除海基會預算。
海基會形同虛設機構，傳遞訊息被「已讀不回」
許宇甄說，民進黨執政後，兩岸關係惡化，北京對台政策日益強硬，兩岸官方交流停滯，海基會淪為形同虛設的機構，只剩文書認證功能，國人關心的雙方人員正常往來、經貿合作，透過海基會傳遞的信息給對岸，都被「已讀不回」，遑論推動實質性的交流，明年度預算卻暴增7000多萬，令人納悶。
許宇甄表示，賴清德總統就職演說讓兩岸關係面臨高度不確定風險，陸方迄今未開放對談，政府卻仍決定大幅增加捐助海基會，不得不讓人質疑其背後的動機與考量。
許宇甄說，機關概算明年度預算時，「那時新任海基會董事長正是民進黨的鄭文燦」，賴政府是希望鄭文燦在新職位上「有所作為」？或政府為給鄭「面子」，特意增加預算？政府每項開支應精打細算用在刀口上，而不是浪費在那些已無實際作用的機構。
對此，海基會回應，兩岸各項往來，不因海基、海峽兩會公開協商暫停而間斷，各項往來衍生問題也只有增加、沒有減少，這些問題都必須靠海基會面對解決，越缺少制度化管道，解決成本就越高，海基會人力與資源都有限，必須承擔這項責任。（推薦閱讀：大陸學術團入台卡關、台人在陸無端被抓 羅文嘉喊話對岸：兩岸需不同聲音「有意義交流」）
陸委會去年提出今年預算案時，捐助海基會預算就大幅成長4500多萬元，當時國民黨立委陳玉珍質疑，民進黨政府最愛「扣紅帽子」，海基會人事預算增列卻並非拿來做本業，擴編是要養肥貓、替高官加薪。後來，立法院三讀通過的法定預算僅小幅刪減，最後陸委會捐助海基會仍增加3537萬元。
