農業部作為政府掌管農業事務的最高主管機關，農業部旗下擁有多達24個財團法人，數量位居各部會之首；在20餘個財團法人當中，中央畜產會每年執行農業部相關計畫，去年度已成為受農業部補助經費最高的「大戶」。
去（2023）年8月，農委會正式升格成農業部，未來農業部編制員額可達5300人，比原來還要多530人；除此之外，全台共有17個農田水利會也已經納入農業部農田水利署，變身成為農田水利署轄下17個管理處的公務機關，顯見農業部規模不斷壯大，預算也隨之攀升。
農業部所屬財團法人多達24個，數量位居各部會之首
攤開農業部所屬的財團法人名單，合計農業財團法人共有24個，累計資產規模達155億元，成為政府部會當中擁有最多財團法人的部會，其中包括背後是由各地農田水利會捐助的財團法人，例如，七星環境綠化基金會、七星農業發展基金會、台中環境綠化基金會、水利研究發展中心、桃園農田水利研究發展基金會、曹公農業水利研究發展基金會等。
漁業部分的財團法人則有中華民國對外漁業合作發展協會、台灣海洋保育與漁業永續基金會、兩岸漁業合作發展基金會、鰻魚發展基金會、養殖漁業發展基金會等。
從資產規模來看，又以農業信用保證基金達62餘億元最高，其次是中正農業科技社會公益基金會資產規模超過13億元，而像是七星環境綠化基金會、七星農業發展基金會、中央畜產會的資產規模也各別皆超過12億元。
另外，農村發展基金會、台中環境綠化基金會、水利研究發展中心、桃園農田水利研究發展基金會、曹公農業水利研究發展基金會、農業工程研究中心、維謙基金會、農業科技研究院、中華民國對外漁業合作發展協會、農業保險基金等，其資產規模也同樣達到上億元。
農信保基金規模62億最高、畜產會拿了農業部26億經費補助居冠
在眾多財團法人當中，中央畜產會每年執行農業部相關計畫，也成為取得補助經費的大戶。根據農業部資料顯示，2023年農業部一共核定中央畜產會67筆補助，合計核准金額來到26億元，執行計畫經費明顯高於往年。
其中又包含辦理112年度雞蛋緊急調度計畫7200萬元、去年底又再核定追加7.46億元補助，以及針對過期進口雞蛋再利用處理核定4520萬元，共核定約8.63億元補助。
畜產會是由農業部捐助60.24％，最主要的功能在於建立產銷調節機制，達到事前預警、穩定產銷目標，但去（2023）年畜產會主導進口雞蛋專案引發許多質疑，在前任畜產會董事長林聰賢宣布辭職後，如今由農業部常務次長杜文珍代理畜產會董座。
農險基金成立最晚，至今仍處於連年短絀
其次，農業部去年也核定農業科技研究院（簡稱農科院）121筆補助款項，包括推動農業科技研發核心技術、農業數位轉型等計畫，合計補助金額將近8億元，目前農科院則是由農業部代理部長陳駿季兼任董座。
在農業部所屬的財團法人當中，又以農業保險基金（簡稱農險基金）成立最晚，該基金於2021年揭牌成立，主要任務是執行農業保險危險分散機制，填補天然災害或其他事故對農林漁牧業損失，提高農業經營保障及安定農民收入。
不過，攤開農業保險基金決算及預算書，農業部初始捐助2億元，2022年該基金累積短絀7.39億元，使得當年度淨值合計為-5.39億元，不過，去年農業部又補助捐助4億元，扣除去年累積短絀預計8.54億元，截至去年淨值預估仍為-2.54億元。
有水利會背景的財團法人難脫政黨色彩
值得注意的是，在各地方農田水利會尚未改制為公務機關之前，由於水利會資產雄厚，過去大多被視為政黨地方派系的重要金脈。而目前掌控這些有水利會背景之財團法人的董事長，也大多出自於水利會、農會系統背景，又或者是由農業部官員兼任。
像是前身是台北市瑠公農田水利會改制為農田水利署瑠公管理處，轄下擁有中正農業科技社會公益基金會，目前雖是由農業部參事朱建偉擔任董事長，但包括台北市農會總幹事蘇光正、前國民黨台北市副議長陳炯松皆是常務董事。
而七星農田水利會如今改制成農田水利署七星管理處，過去捐助成立七星環境綠化基金會、七星農業發展基金會、維謙基金會等，其中，曾任台北市七星農田水利會會長的莊光明目前是七星農業發展基金會董座，也是維謙基金會的常務董事；2022年蔣萬安競選台北市長時，莊光明也是蔣萬安士林區後援會的榮譽總會長之一。
另外一方面，前台北市長黃大洲也出任七星環境綠化基金會的董事；且若仔細一看，七星環境綠化基金會與七星農業發展基金會兩邊董監事名單也具有高度重疊性，其中不乏來自農會、水利會系統的人士。
而維謙基金會董事長目前由親民黨主席宋楚瑜出任，且包括前內政部長李鴻源、宋楚瑜時代的省府機要楊雲黛皆是董事，另外，曾是宋楚瑜秘書的魏志中則是監察人，頗具有「親民色彩」。
農發基金會董座是花媽人馬，任期到2027年
除此之外，財團法人農村發展基金會過去多由農委會退休主委、副主委出任董事長，蔡復進自2019年上任董事長以來，去年6月底再度續任成功，任期將至2027年中旬。
不過，攤開蔡復進的經歷，過去他曾在前高雄市長陳菊任內，擔任高雄市農業局長；也在許立明代理高雄市長期間高升為高雄市副市長，更隨著陳菊2018年出任總統府秘書長後，蔡復進隔一年就順利當上農村發展基金會董事長到現在，被視為是「花媽人馬」。
且根據最新預算書揭露，蔡復進出任董事長含薪資、獎金等，本年度已編列216萬元，比起上一年預算數還增加近4.6％。
農業部轉投資10家民營事業，台肥、台泥、農林、合庫金是上市公司
除了財團法人之外，由農業部主管的政府轉投資民營事業，其中轉投資事業高階經理人的人事安排也格外引起矚目，細數農業部轉投資的民營事業共有10家，其中包括台肥、台泥、農林、合庫金皆是上市公司。
從政府投資比重高低來看，由農業部農田水利署嘉南管理處轉投資的嘉南實業，目前持股49％，另一大股東則是台化持有51％，合資投入水力發電開發，目前董事長是由台化公司的法人董事、也是前嘉南農田水利會長楊明風出任。
而農業部持有39.98％、農信保基金持有4.29％以及各農會投資組成的農業金庫，主要任務在於建構農業金融體系、協助地方農漁會信用部發展，有綠營農業國師、中興大學名譽教授吳明敏自2017年底接任以來至今已超過6年，今年520之後是否有所變動值得注意。
北農董座剛換人，台肥董座李孫榮被視為賴系人馬
另外，台肥為台灣最大肥料生產商，目前最大股東則是農業部，持有24.07％，且合庫銀、中華郵政也名列前十大股東，使台肥成為泛公股事業，而台肥也持有台農發32.52％股權；由於台肥董座年薪逾700萬元，一向也是各方覬覦的位子。
去年5月底，前嘉南藥理大學校長李孫榮接任台肥董事長，李曾經擔任台糖獨董，因地緣關係，過去在擔任嘉南藥理大學校長時與時任台南市長的賴清德因產學合作計畫而熟稔，被外界視為賴系人馬。
由農業部、台北市政府分別持有22.76％的台北農產運銷（簡稱北農），去年董監事改選才剛落幕，蔣市府選擇與民股全國農會合作，在掌握過半席次下，由國民黨籍的前金門縣長楊鎮浯出任北農董座、總經理則是由韓國瑜任高雄市長時的農業局長吳芳銘擔任。
另外，農業部也參與由國發會主導的台杉生技旗下二號生技創投案，瑠公農田水利事業作業基金出資持股3.39％，至於轉投資台泥、台灣工礦、農林、合作金庫等股份，持股比率則相對較低，未達1％。
