立院三讀通過《立法院職權行使法》後，監察院立即發表聲明：主張調查權及文件調閱權是監察院的專屬權；立法院沒有行政責任的訴追權，所以立法院不能行使行政責任的調查權。並主張立法院調查權有其限制，不及於檢察官犯罪偵查中的案件，同理也不及監察院調查中及法院審理中的案件。所以監察院調查中的案件立法院沒有調查權。所以立法委員職權行使法有關立法院的調查權有違憲問題。
一、監察院停留在1993年以前：
監察院面臨立法院調查權、聽証會、藐視國會處罰等改革衝擊，的確非常大，而且面臨監察院存在與否的根本問題。不過依監察院的聲明，主張「調查權及調閱權專屬監察院」，顯然其觀念仍停留在1993年以前。
（一）監察院停留在1993年以前：
監察院的聲明稱依據大法官釋字325號解釋文（1993年7月23日解釋），調查及調閱權專屬監察院。惟查該解釋文雖然認為「調查權仍應專由監察院行使」，但也明文承認「立法院有權力調閱文件、資料」。
沒想到監察院竟然仍將調閱權專屬監察院，公然違反第325號解釋，其觀念仍停留在1993年7月23日以前。
（二）釋字585號已確認立法院調查權：
釋字第585號（2004年12月15日解釋）明確表示「立法院為有效行使憲法所賦予之立法職權，本其固有之權能自得享有一定之調查權，主動獲取行使職權所需之相關資訊，俾能充分思辯，審慎決定，以善盡民意機關之職責，發揮權力分立與制衡之機能。立法院調查權乃立法院行使其憲法職權所必要之輔助性權力，⋯」。所以釋字585號已明確由「國會文件調閱權」往前進化到「國會調查權」，並推翻325號的解釋。而監察院公然違反釋字585號，仍停留在「監察院獨佔調查權」的過時論調。
（三）監察院認為立法院沒有行政責任訴追權，所以沒有行政責任調查權，不應與監察院調查權重疊行使相互干擾：
監察院表示：「立法院調查權依釋字第585號解釋係為行使職權所必要的輔助性權力，本應受有限制，且非行政責任或刑事責任之訴追，與監察調查權及司法偵查權之行使有別，不應重疊，立法、司法和監察調查權之行使過程，也不應互相影響或妨害，及造成行政機關和公務員無所適從之情事，而影響五權憲法體制之運作。」惟查：
1、立法院是惟一國會，也是制衡監督政府最重要的憲政機構，但監察院卻否定其調查權：
監察院認為「立法院沒有行政責任的訴追權」所以沒有行政責任調查權。
這個論點完全忽視立法院是惟一的國會，也是代表全國國民制衡監督政府的最高民意機構。除了立法、預算審查外，監督政府官員是否依法行政？是否違法？是否依法執行預算？是否失職或貪腐？這就是政治責任、行政責任的監督及制衡；而這也是國會最核心的職責及權限。
監察院反對立法院調查權，不但脫離民意，也形同包庇政府的不法失職及貪腐。
2、事實上立法院本於監督制衡政府的職責，在行使調查權時，如有發現涉及行政責任之虞者，光是國會發動文仵資訊調查權，即可發揮監督及預防政府官員不法及貪腐的功能。
同時如發現涉及違反行政責任者，即可移送監察院去訴追。對於監察院的彈劾、糾舉權的行使並不會妨害，反而有助益。
3、至於立法院調查權行使如發現政府官員有涉及貪腐失職，涉及刑事不法行為，則可以主動移送司法機關訴追。也不會構成侵害檢察官的獨立犯罪訴追。
4、無論是釋字585號或釋字729號均沒有明文表示國會調查權的行使會妨礙監察院彈劾、糾舉權的行使及行政責任的訴追。這完全是監察院為了繼續戀棧，高舉五權憲法，停留在1993年以前的思維。
二、監察院調查中案件，立法院不能調查；形同監察院藉調查名義，掩護政府的違法失職及貪腐：
監察院表示「依釋字第729號等解釋意旨，為保障檢察機關獨立行使職權，對於偵查中之案件，立法院不得向其調閱相關卷證。同理證之，如法院審判中案件及監察院調查中案件，自非屬立法院調閱卷證之對象。」
釋字729號針對「偵查中案件立法院不得調閱相關卷証」。監察院主張法院審判中的案件及監察院調查中的案件也要比照適用，立法院也不可以行使調查權。
檢察官偵查犯罪，由於涉及嫌疑人是否構成犯罪？在檢察官尚未形成心証，在未起訴前或不起訴結案前，如果案件曝光，對於人民權利影響非常大，所以有偵查秘密原則。
但監察院調查中的案件，主要是涉及政府機關及官員是否違法失職侵害人民權益為主要的案情。
由於人民遠比政府及政府官員弱勢，而且都是在求助無門下，最後才向監察院投訴。所以如果監察院調查中的案件，比照檢察官偵查中案件，立法院不得行使調查權；等於是監察院借著調查名義，而實質在掩護政府及政府官員的違法失職及貪腐。
三、覆議、憲法訴訟：
國會改革法案三讀通過後，包括民進黨立法院黨團、卓榮泰院長及賴清德總統，均已明確表態將提出覆議及向憲法法庭提出憲法訴訟。顯然要反對到底。為什麼民進黨要從過去的積極推動者，一下子變成堅決的反對者？的確令人匪夷所思！
除了歸因於害怕過去八年可能的弊端被揭露外，實在沒有更好的理由！
不過目前大法官15席全部都是親綠的，所以大法官宣布部分條文違憲的可能性不小。在加上「清鳥活動」仍然繼續在創造輿論及聲量，也是向憲法法庭施壓。看來國會改革法案的鬥爭尚未結束！賴清德就任總統的起手式，給人內憂外患的不安！
