許多人認為中央研究院前院長李遠哲要為教改亂象負責，但李遠哲在最近出版的新書中提到，當年他主持的教育改革審議委員會主張英文要從小學開始教，而「碩博士滿街跑不是李遠哲的錯，廣設大學跟我們無關」。他說，「2000年政黨輪替後，有人用教改來打擊我，然後把教育搞亂，這是很不幸的事。」
1994年4月10日民間團體發起教改大遊行後，同年9月21日行政院教改會成立，李遠哲擔任召集人，在1994年到1996年運作期間，共提出4期諮議報告書及《總諮議報告書》，作為台灣教育改革的重要依據。
李遠哲具諾貝爾獎得主的光環，他當年在台灣社會地位崇高，但他規畫及參與的教改卻造成亂象，不少人要他負責。在最近出版的《返鄉記－李遠哲口述傳記》新書中，李以24頁篇幅說明參與教改歷程，澄清外界誤解。
早年台灣學生是從國中開始學英文，李遠哲表示，教改會建議英文要提早學，而且要從小學開始，但當時教育部長吳京說不行，因為一個人小時候只能學一種語言。他認為吳京胡說八道，因為他小時候就學過日文、閩南語、客家話及國語，初中時學英文，已接觸到5種語言。
李遠哲當年還說出「廢高職」的話，引起技職體系反彈。李遠哲說明，在工研院或科技園區多半不會請高職畢業的人，而希望要大學畢業、有一般通識教育水準的人，因此，高中教育應該是比較普通的教育，要與技職體系分開。學生如果知識根基好，面對技術的進步，都可以跟上。
前教育部長黃榮村表示，李遠哲確曾說過「廢高職」，但當時教改會數位委員認為，高職有其時代性與必要性，不宜輕言廢止。因此，「廢高職」沒有寫入《總諮議報告書》，也從未形成政策，現今高職還在。
