金門陸船翻覆2死事件餘波未平，國民黨立委陳玉珍今在立法院針對大陸清淤船進入我金門禁限制水域問題質詢，行政院長陳建仁及海委會主委管碧玲皆稱陸船不被允許進入我禁限制水域，但遭陳玉珍拿出交通部公告當場打臉，陸委會主委邱太三也證實陳玉珍的說法屬實。陳玉珍也要求行政院加強跨部會協商。
對於陸船案後，大陸多艘清淤船進入我禁限制水域進行作業，政府是有掌握相關訊息，海委會主委管碧玲指出，大陸清淤的範圍是在廈門海域，不是在我禁限制水域，清淤後航行有進入我禁限制水域，我方都有派船護航。
陳玉珍質問「大陸船可不可以進入我們的禁限制水域？」陳建仁秒回「不可以阿」，陳玉珍再追問「誰告訴你不可以？」陳建仁則當場語塞，管碧玲出手救場，回答是根據兩岸人民關係條例。陳玉珍則當場打臉，痛批陳建仁跟管碧玲處理大陸事務，卻連兩岸之間的歷史過程都不了解，「根據交通部104年12月公告，104年12月17號開始實施，運送客貨輪經過金門禁限制水域，進入大陸地區廈門港，是被允許的好嗎？」
陸委會主委邱太三也證實，「對，委員你提到重點，在劉五店航道雙方有協議過，所以才有這份公文」；陳玉珍批評，政府遇到問題都一樣，都沒有做跨部會協商，陸委會也沒有充分告知其他部會，讓第一線海巡非常辛苦，海委會不知道有被允許，院長也不知道是被允許的，代表跨部會之間的溝通跟協商很弱，尤其這麼重要攸關兩岸問題，過去我們有跟大陸累積很多善意，有很多相關法令可以解決問題，有時候不用走到劍拔弩張，讓金廈海域的小事變成國際大事，跨部會協商以後一定要進行。陳建仁對此回應，會加強跨部會溝通。
陳玉珍並建議，此事可以採取紅會模式，民間對民間，邱太三說，這是可以選擇的項目，其實原來已經談到一個程度，有的有共識，有的各自政治上有堅持，才會各自回去請示，還是會繼續進行。
陳玉珍強調，就她所掌握，大陸並沒有在協商過程中，沒要求我們要把海巡弟兄送去對岸送審，絕對沒這件事。
陳建仁對此則反問，委員你怎麼看得到？談判是秘密的，連妳都知道談判內容，那這機密好像就沒被遵守。陳建仁與管碧玲接著就跳針強調要遵守保密，陳玉珍說，對方並沒有告知全部的開會內容，但是有的事情就是有，沒有就是沒有，不要再給兩岸局勢添柴火。
