相隔近2年半，放置在桃園富岡機廠的太魯閣號事故列車發現疑似頭蓋骨，花蓮地檢署指出，這起重大事故當初相當混亂也緊急，相信參與調查人員當時都盡心盡力完成蒐證。當年第一時間深入車廂的調查人員回憶，當時忍著屍臭和高濃度的汽油味在隧道、車廂拚命找出殘骸，努力1整周，事後台鐵將車廂拖回去處理，不敢置信怎麼過了兩年，還沒清理乾淨？
花蓮地檢署主任檢察官蔡勝浩表示，花檢偵結時已把相關事故列車發還給台鐵花蓮機務段保管，相關被害人也都在卷證中交代清楚，不過近日發現的疑似頭蓋骨，若跟全案有關，花檢仍有處理權限，全案目前在二審法院審理，未來是否由花檢處理再併由二審，要靜待鐵警調查結果再作因應。
第一時間深入調查的人員回憶，當時車體遭遇高速撞擊，車廂嚴重扭曲變形，尤其第8車廂最嚴重，到處都是金屬尖銳物，搜救和鑑識過程很危險，第一時間救難人員將遺體抬出，第4天遺體都經由76行者修復，隨即火化。
承辦檢察官仍與警方忍著屍臭味和汽油味，在現場不放棄的找殘骸比對，但當時許多死者的遺體因高速撞擊，手腳被切割成一塊塊，四散在車廂、鐵道和隧道中，整整一周靠著腐敗的氣味搜尋，骨頭因不會發出味道，更是難找。
第８車廂搜出9塊頭蓋骨，為何第一時間未找到？檢警指出，擠壓死傷最嚴重的第8車廂，是行經花蓮方向的車頭，前方是駕駛艙， 肇事工程車撞上列車後，左前車頭失控撞擊山壁，駕駛艙被撞凹塌陷往後擠壓第8車廂，此次尋獲乘客殘骸就是壓在駕駛艙後的擠壓空間中裡，非第一時間現場檢警人員可觸及，需要機具協助挖開，這次找到的頭蓋骨研判是吊掛車廂過程中掉出。
檢警在一周內找出共150個包含遺體和殘骸的檢體，如腿骨、牙齒、手掌和各種不明的肌肉組織等，不明的殘骸送法醫研究所驗出DNA後，一一發回家屬，至於沒辦法驗出DNA或腐敗檢體，則集中火化。
調查人員研判，這次找到頭蓋骨，也會循同樣流程處理，但問題是，檢警只能短時間清殘骸，當時台鐵在事故發生後將車廂拖走，居然沒有徹底清理，實在讓人難以置信，「檢警不眠不休努力1整周找出殘骸，就被台鐵全然的疏忽抹殺」。
蔡勝浩說，富岡機廠位於桃園市，若鐵警確認發現的是人類遺骸，依報驗程序要向所在地的桃園地檢署報驗，是否為當時受害者之一，也要經過DNA鑑定確認。這起重大事故造成慘重傷亡，當時情況混亂緊急，不只承辦檢察官、警方，運安會也有派人到現場勘驗，當時都請警方全程錄音錄影拍照，做成勘驗筆錄，相信參與人員都是盡心盡力完成蒐證。
