太魯閣號事故已超過兩年，卻在列車殘骸中發現9塊遺骸，甚至還有頭蓋骨，以及罹難者遺物，總共18片骸骨（含頭蓋骨）、2顆牙齒、94件乘客物品或遺物，這樣離譜的狀況也嚇到來台推動鐵道安全改革的日本專家，讓他驚訝萬分、難以理解。對此台鐵局長對於只做保存列車，完全沒有把其他事情做好一事道歉。
2021年4月2日清明連假第一天，台鐵408次太魯閣號從開往台東，沒想到沿途經過花蓮清水隧道時，違規停在邊坡的工程貨車竟掉落撞擊列車，導致太魯閣號當場出軌，最嚴重的車頭第8車廂更是擠壓造成罹難者遺體在短時間內四散，總共有49死213傷，成為當年清明連續假期一大陰影。
而事隔近兩年半，交通部在台鐵明年公司化前夕，邀請日本JR列車鐵道專家與太魯閣號罹難者家屬團體至富岡基地，安排大家到事故車輛暫存紀念園區追悼罹難者，卻意外發現頭蓋骨，讓日本專家西大學名譽教授安部誠治也嚇到，他表示在現場目睹，驚訝萬分並難以理解。
安部誠治說，他了解台鐵很辛苦，但在談預防事故前，應該要去檢討這個狀況，除追究太魯閣事故原因，也應追究為何事隔2年多還會發生遺骸在車廂的狀況，列車要保存搬動時為何沒有檢查。
如今重新勘驗後，除了先前提到的罹難者憲兵莊建致的遺物，隨身攜帶著和女友的照片外，還有昨（31）日發現的頭蓋骨，總共18片遺骸、2顆牙齒，非車廂物品94件。
台鐵局長杜微今日也在「台日交流鐵道安全改革研討會」中，向罹難者家屬致歉，並認為台鐵只做保存，卻疏於其他更重要的事情，感謝王薇君理事長發現這件事（頭蓋骨），會趕快彌補，並將後續作業完成。
而交通部長王國材也表示，他自己好幾次去現場，事故車廂內是很亂的，雖說台鐵的觀念是保留原物就不要再動，但是罹難者遺骸沒有清理乾淨是很嚴肅的事，對罹難者相當不敬。原本的花蓮地檢署檢察官現在已經調到北部，今天也是他去看，希望趕快亡羊補牢，從上到下過程中一定有疏忽掉，給罹難者和其家屬一個清楚的交代。
