為補足光電缺口，農委會指定低地力土地及現有漁電共生區位內非養殖生產區的閒置魚塭共約 10,000 公頃土地，做為「綠能發展區」用地。專區內農漁用地可繼續農用，但目的事業主管機關卻由農委會改為經濟部，引發專家憂心，除了配套不足，專區內的農漁民有被農委會「放生」之虞。
但是農委會企劃處處長莊老達回應，綠能發展區內的農地，地主可自行選擇設置光電或繼續務農，農業部門將依照「事實認定」，如果土地還有農業生產事實，農保身分、災損補助措施等皆維持不變。
農團質疑：農業區改為綠能專區，農漁民等同被放生
依政府規劃，一般農業區設為「綠能發展區」後，除了農業容許設置 40％ 光電、非都容許的 70% 以及農地變更可設置 90% 的光電外，也可以採取漁電共生，讓原來編定為農地的地主自行與業者協調，看要採哪一種農業容許樣態，或保留作農漁使用。惟目的事業主管機關由農委會改隸經濟部，專家擔憂將對區內農業發展造成重大衝擊。
美濃農村田野學會執行理事溫仲良認為，除了光電與農業景觀跟生產活動互相干擾外，目的事業主管機關換成經濟部後，雖然仍有一定比例的務農者，但他們將越來越難取得農政資源。回到地方實務上，農業單位的生產輔導資源不會主動顧及這些地方，「變成你看到別人有什麼，要主動出來陳情才會有。」
溫仲良以都市計畫區內農地為例，農業局輔導設置農業經營專區、輔導收購，幾乎都是以非都農地優先，因為都市土地可能有其他變更發展，在不確定的前提下，農業輔導往往跳過都計農地。他認為「綠能發展區」也類似，「既然被視為不利耕作」，制度上也存在變更或種電機會，除非生產者主動爭取，或農委會另設行政命令要點指導，否則農業單位非主管機關，很難主動投入。
他也再次質疑「不利耕作區」的政策，認為應該問的是「有無符合適地適種？」美濃客家常見油蔥酥，紅蔥頭必來自學甲鹽化土地才做出獨特風味，鹽化土壤也可以種出高經濟的蘆筍或者黑金剛花生，「所謂不利耕作，實際有相對優勢」。
他最後補充，「不利耕作區」上一定有農友努力掌握相對優勢，發展特色，為了不讓這些農友受到光電干擾而離農，他建議政府應設置回饋機制，限定資金留在地方輔導跟補助農業，而非交由地方統籌運用。
學者：光電與養殖錯落彼此干擾、綠能發展區應循專案
嘉義大學水生生物科學系助理教授郭建賢表示，綠能專區內養殖土地出租後雖會有租金收入，但有課稅問題，也會影響漁民身分跟漁保權益。如果魚塭的農地已變更，漁民身分是否會因而消失？他認為相關權益應該要釐清與說明。
郭建賢指出，目前進行中的工程對養殖戶影響很大，施工中的案場要抽水，鄰池的水變得永遠補不滿，水位下降在缺水的時節尤其是非常嚴重。而且相鄰案場如果打樁震動，也可能導致魚類死亡或蝦類拒絕吃餌，一個不小心會讓養殖戶損失慘重。他認為魚塭彼此緊鄰，養殖戶會「很難做」。
620 連署發起學者之一、成功大學都計系副教授黃偉茹指出，現在農地的目的事業主管機關是農委會，未來銜接《國土計畫法》之後，主管機關會依照分區編定。已經有漁民在關切，綠能專區主管機關轉為經濟部後，農業相關補助、農損保險的權益是否會生變？但目前仍得不到說明回覆。
她批評綠能專區設計並未考慮到持續務農者的權益，反而是提高了土地轉作光電的誘因，她也質疑綠能發展區劃設存在嚴重爭議，應先循行政院專案計畫即可，而非急於一時放寬土地使用管制規則，貿然修法，影響長遠國土發展，對農業環境影響巨大。
綠能發展區倉促，環團要求暫緩上路
據悉，不滿內政部將於 7 月 14 日正式公告《放寬土地使用管制》，讓綠能發展區非都容許不受660 平方公尺限制，民間團體將於 7 月 13 日 於內政部召開記者會，呼籲內政部暫緩放寬非都市土地管制。
地球公民基金會主任蔡卉旬指出，713 行動要求綠能專區與國土計畫、能源用地白皮書等應該對接，而不是在目前各部會意見都不同的情況下，貿然修法放寬，這是「邏輯與程序都錯誤」。
經濟部希望綠能發展區放寬實施 40% 農電共生，而非循走 70% 非都容許或 90% 變更型。但是農委會卻仍堅持只釋出部分不利耕作的土地，而且拉高遮蔽率到 70% 至 90%，用以減輕其他農地的釋出開發壓力。
能源局：盼減緩農電衝突；農委會：以從農事實認定相關福利
能源局光電組組長林文信指出，綠能發展區是否會導致農漁業與光電相互干擾，要按實際狀況釐清，如果有問題再來研議解決方式。他也指出，如果開放農電共生，光電設施更有機會考慮當地農業經營方式的需求，也將減緩農電衝突。
農委會企劃處處長莊老達表示，農地若位於公告的綠能發展區內，由地主自行決定用途。如果繼續從農，農保與農業補助照舊，農委會會依照農業事實認定。另外，只要有農用事實，天然災害救助也會繼續受到保障。
